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生物晶片自1980年代發展至今已經隨著時代的進步與技術的成熟而成為基礎研究必備的強勢操作平台。Affymetrix應用半導體產業技術的光化學技術(光罩法),製作高密度的GeneChip而成功擠身生物晶片產業的龍頭。而利用Affymetrix產品所發表的文獻也累積了近萬篇,足見這項技術被研究領域肯定的程度與Affymetrix的貢獻。

截至目前為止,Affymetrix仍是將DNA微陣列技術縮小在最小點位(Feature size)的領跑者。但Affymetrix仍不滿足於現況,一方面因為Agilent等競爭對手切割將近一半原本由Affymetrix壟斷的生物晶片市場,而讓Affymetrix備感壓力。另一方面近年生物資訊的分析開始統合,學術研究逐漸把焦點轉回功能分析,這使得將生物晶片這種大量且快速執行分析的工具應用在生物功能性檢測的需求越來越大。也因此,在推Gene expression array之後Affymetrix推出能檢測基因個別Exon與完整偵測whole genome的Exon array與Tiling array。

1.      Exon array:
Exon array設計的原理是在基因的每個Exon上各設計四個primer sites,相較於只能偵測基因備表現與否的3’-Array,Exon array除了可以偵測基因的表現外,更可以得知不同Exon的表現情形。這款探討alternative splicing的產品被用來研究組織的發育、RNA表現相關疾病與基因的變異等。


2.  Tiling array:
Tiling array的設計為排除重複序列後將所有Primer sites覆蓋於whole gene,可以反應整個基因的情況。Tiling array除了可以直接用在基因體的研究之外,也可以用來檢測未知的Extron,但這個實驗平台最令學術界感到興奮的一點是,它可以被用作進行大量且快速的檢測Proten-DNA interaction,目前已有許多ChIP(Chromatin immunoprecipitation) on Chip的研究發表。

  針對上述產品的SWOT分析:

 

GeneChip® Exon array

GeneChip® Tiling array

Strengths

avalilable to survey the alternative splicing patterns

offer a readout of genome and tool for mapping protein-DNA interaction without customlization

Weaknesses

can't represent unknown Exon

can't represent all recombinations

Opportunities

Application in tissue-specific, developmental stage-specific, disease-related and genetic variation research
GeneChip® Tiling array can recover the unknown Exon region

Application in novel gene discovery, protein/DNA interaction and genomic research

Threats

Competitor:EST array is cheaper

Competitor:Custom ChIP-on-chip Microarrays (Agilent)

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